Az EÖK!K kutatási területei:
· kisebbségek - gazdasági átalakulás - regionális együttműködés;
- Az önkormányzati autonómia jelentősége a szerbiai kisebbségek szempontjából
- Szerbia decentralizációjának kisebbségi dimenziója
- Lengyel kisebbségi közösségek a volt Szovjetunió területén
- Oroszajkú kisebbség Észtországban, Lettországban, Litvániában
- Kárpátalja gazdasági fejlesztésének lehetőségei
- Észak-Vajdaság magyar többségű községeinek gazdasága
· a kisebbségi jogok védelme a nemzetközi jogban;
- A lengyel kártya bevezetése
- Nyelvhasználati jogok a bírósági eljárásokban
· a romák helyzete Magyarországon;
- Cigánynak lenni Magyarországon. Éves jelentések.
- A pécsi romák térbeli elhelyezkedése és a „nagy fejlesztés” (Európa Kulturális Fővárosa)
- Kirekesztés, szegregáció, vákuumhelyzet a drávaszögi kistérség iskolakörzeteiben
- Közoktatási szegregáció Miskolcon és Nyíregyházán
- Térbeli és közoktatási szegregáció Pécsen, Kaposváros és Mohácson
- A romapolitika sarokpontjai és finanszírozása
· összehasonlító nacionalizmus-kutatás és etnopolitika;
- Etno-, identitás- és emlékezetpolitika a Nyugat-Balkánon
- Magyar nemzettudat-problematika
- Szlovák-magyar összehasonlító nacionalizmus-kutatás
- Deportálások Kárpátalján a második világháború idején
- Magyar és román szélsőséges honlapok
- Szimbolikus politizálás az etnopolitikában
- kisebbségek helyzete Bosznia-Hercegovinában és Koszovóban
- antropológiai megközelítés a nemzetközi kapcsolatok elméletében
· regionális innováció és többnyelvűség;
- Többnyelvű oktatás és EU-integráció
· az egyházak szerepe a kisebbségi közösségek életében;
- A szlovákiai magyarság vallási arculata
- A magyarországi román kisebbség vallási arculata és az ortodox egyház társadalmi szerepe
· az egymás felé forduló régiók gazdasági és intézményi együttműködésének kutatása;
- Délkelet-európai tőkebefektetések Magyarországról
- A határokon átnyúló együttműködések intézményi és jogi struktúrája
- Kárpátalja gazdasági fejlesztésének lehetőségei
